Высшим коллегиальным органом управления ассоциацией является Совет АССАГРОС, куда входят тринадцать избранных человек - руководителей союзов и ассоциаций-членов АССАГРОС.
Генеральный директор Исполнительной дирекции ассоциации - В. В. Манаенков 

Члены Совета АССАГРОС:

• ЯХНЮК Сергей Васильевич - председатель Совета
• РОГОВА Наталия Дмитриевна - заместитель председателя 
• ЧЕКМАРЁВ  Пётр Александрович - заместитель председателя 
• ЛИЩУК Владимир Васильевич - исполнительный директор Национальной ассоциации оптово- распределительных центров
• ЛЯЛИН Алексей Владимирович - президент Российского союза хлебопекарной промышленности
• ОРЛОВА  Людмила Владимировна - президент НП Национального движения сберегающего земледелия 
• МАНИЦКАЯ Людмила Николаевна - директор Российского союза предприятий молочной отрасли
• БОБЫЛЕВА Галина Алексеевна - генеральный директор Российского птицеводческого союза
• АБАКУМОВ Игорь Борисович - продюсер Медиа - группы «Крестьянские ведомости»
• МАЛЬЦЕВ Михаил Станиславович - исполнительный директор Масложирового союза России
• ЖАВОРОНКОВА Оксана Владиславовна - исполнительный директор Ассоциации развития коневодства 
• УСТИМЕНКО Олеся Владимировна - исполнительный директор Ассоциации дилеров сельскохозяйственной техники «АСХОД»
• ИЛЬИНА Ольга Александровна - ректор Международной промышленной академии