Высшим органом управления АССАГРОС является конференция АССАГРОС, которая созывается Советом АССАГРОС один раз в год. В период между конференциями руководство деятельностью АССАГРОС осуществляет его постоянно действующий орган — Совет АССАГРОС, который является выборным коллегиальным органом, избираемый конференцией.
Члены Совета АССАГРОС:
- Чекмарёв Пётр Александрович – Председатель Совета АССАГРОС, Председатель комитета по развитию агропромышленного комплекса ТПП РФ, заместитель Президента РАН, академик
- Яхнюк Сергей Васильевич – Депутат Государственной Думы Федерального собрания Российской Федерации, член Совета АССАГРОС
- Манаенков Владимир Васильевич – Генеральный директор Исполнительной Дирекции АССАГРОС, Исполнительный директор Союза комбикормщиков, кандидат технических наук
- Рогова Наталья Дмитриевна – Заместитель Председателя Совета АССАГРОС, Генеральный директор Ассоциации «Теплицы России»
- Орлова Людмила Владимировна – Заместитель Председателя Совета АССАГРОС, Президент НП Национального движения сберегающего земледелия
- Дубровин Юрий Николаевич – Заместитель Председателя Совета АССАГРОС, Председатель Правления Россоюзхолодпром, почётный машиностроитель, академик Международной академии холода
- Мамиконян Мушег Лорисович – Председатель Попечительского совета Фонда премии Столыпина, эксперт мясного рынка, представитель ООО «Мясные технологии и инновации»
- Лищук Владимир Васильевич – Исполнительный директор Национальной ассоциации оптово-распределительных центров
- Воронин Алексей Анатольевич – Директор аналитического департамента Национального союза производителей молока (Союзмолоко)
- Максимкин Денис Андреевич – Заместитель директора Ассоциации Росспецмаш
- Нагаева Татьяна Николаевна – Генеральный директор ООО «Институт молока Бочаров и партнёры»
- Закирзянов Рустем Ильдусович – Генеральный директор ООО «Торговый дом Рустал»
- Фадеев Антон Валерьевич – Генеральный директор ООО «Агентство плодородия»